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Finalmente, algunas de las objeciones a la selección de embriones se deben al fantasma de la eugenesia, la teoría que propone ejercer un control selectivo sobre la reproducción de los individuos de una población para influir en qué genes se transmiten de generación en generación. Antes de que existieran las técnicas modernas, la eugenesia se basaba en aplicar una serie de normativas que determinarían quién estaba autorizado a procrear y quién no. Esto a veces implicaba la esterilización forzosa de individuos que no se consideraban adecuados para tener hijos. Los movimientos eugenésicos están estrechamente ligados a la Alemania nazi, lo que ayuda a entender por qué hasta hace poco estaba prohibido el diagnóstico preimplantacional en ese país. Lo cierto es que a finales del siglo XIX y principios del XX, antes de que los nazis llevaran sus teorías hasta el extremo, la eugenesia tenía partidarios importantes en muchos otros países, como los Estados Unidos, el Reino Unido y Suecia.

A los que les preocupa un retorno de las tesis de la eugenesia ven la selección genética contra enfermedades hereditarias (como la beta-talasemia en nuestro ejemplo) como un caballo de Troya que puede abrir paso a otros tipos de selección más cuestionables, a pesar de sus buenas intenciones. Por ejemplo, elegir deliberadamente características como la inteligencia, ciertas habilidades deportivas o incluso la sexualidad, en cuanto se conozcan los genes relacionados con estas características.

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