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También es importante recalcar que estos análisis no invasivos, aun si ofrecen posibilidades previamente inimaginables en términos del estudio científico de manuscritos raros y preciosos que no pueden ser muestreados por razones obvias, también tienen limitaciones inherentes. Por ejemplo, las técnicas empleadas pueden revelar los constituyentes químicos contenidos en una cierta área coloreada, pero no sus cantidades absolutas; de hecho, al tratar con colorantes orgánicos, es más fácil hacer una caracterización de tintes azules y rojos que de amarillos y naranjas.

Los siguientes métodos espectroscópicos y técnicas de imagen fueron usadas en el códice de manera complementaria: fluorescencia de rayos x (XRF), reflexión de espectrofotómetro de transformada de Fourier (mid-FTIR), reflexión y emisión de espectroscopía ultravioleta-visible (UV-VIS), micro-Raman, microscopía digital y generación de imágenes digitales NIR (infrarrojo cercano). Los detalles experimentales se pueden encontrar en una publicación previa (Grazia et al. 2019).