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Charles quiso abandonar la carrera de medicina, y la gota que rebalsó el vaso fue cuando asistió a la cirugía de un niño, en una época donde no existía el cloroformo. Partió muy asustado donde su padre a rogarle que lo sacara de esa universidad. Robert se resistió. Si bien comprendía lo difícil que resultaba una observación tan cruda y sangrienta de una operación en aquella época, insistía en que esa era la única manera en que su hijo podría formarse dentro de la realidad del mundo en ese momento. Charles asistió dos veces más a una sala de operaciones en el Hospital de Edimburgo. Huyó de ambas. “Esto era mucho antes de los benditos días del cloroformo”, escribió en su Autobiografía.

En ese segundo año en Edimburgo, Charles ingresó en la Sociedad Pliniana, un grupo de estudiantes de historia natural. Colaboró en las investigaciones de Robert Edmund Grant sobre anatomía en el Fiordo de Forth, formado por la última glaciación en Escocia. En los veranos realizaba excursiones por el norte de Gales.