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Por su parte la corteza electrónica, que es la responsable de todas las propiedades químicas del átomo en sus interacciones, deberá poseer un número de electrones igual a su número atómico, Z, que determina la clasificación del elemento químico en la tabla periódica. Pero para que pueda existir electroneutralidad en el átomo, y por extensión en toda la materia no ionizada, el núcleo ha de poseer una carga positiva Z veces la carga del electrón. ¿Cómo justificarla y distribuirla?

Tras unos años científicamente especulativos y desorientados, el propio Rutherford (en colaboración con su discípulo Soddy) descubre en 1919 una nueva partícula que va a ser fundamental para la evolución en la concepción del núcleo: el protón. Lo hace al bombardear nitrógeno con partículas α produciendo núcleos de hidrógeno. De hecho Rutherford no sólo había tenido ya el honor de revelar la existencia del núcleo atómico (e incluso de clasificar las emisiones radiactivas), sino que también generaba la primera reacción nuclear conseguida artificialmente por el hombre. Admite, con buen acierto, que si se produce el núcleo del elemento más elemental, el del hidrógeno (el primero de la tabla) sin el electrón cortical, ese núcleo debe ser un componente primordial de toda la materia, al que por ello denomina protón. Su carga eléctrica es igual a la del electrón pero positiva y la espectrometría de masas también revela que su masa resulta muy superior, casi unas 2000 veces, a la del electrón, justificando que el núcleo posea la mayor parte de la masa del átomo.

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