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En el caso de acuerdos entre instituciones públicas, es más fácil llegar a un acuerdo entre ellas. Por lo general, los investigadores a cargo del proyecto conocen muy bien a su contraparte, y la relación de confianza mutua se basa principalmente en la relación entre grupos de investigación o entre las Direcciones de los centros. Esta confianza citada es propicia, por lo general, para alcanzar un acuerdo que satisfaga desde el primer momento a todas las partes implicadas, sin necesidad de tener que emplearse a fondo en el redactado del acuerdo, siendo la función de los correspondientes departamentos legales comprobar que no existe ninguna cláusula que no se ciña a la legalidad vigente en materia de contratos.

Cabe señalar que todos estos acuerdos o colaboraciones tienen un principio y un fin claramente definidos, que es la propia ejecución de un determinado y puntual proyecto, en plazo, cargas de trabajo (workpackages) y objetivo final a conseguir, aunque otro escenario también es posible: establecer una alianza estratégica.