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Es innegable que este tipo de investigación permite el avance científico y médico, introduciendo en el arsenal terapéutico novedades de forma periódica, pero también presenta algunas limitaciones:

– Esta investigación se centra más en enfermedades de alta prevalencia, de modo que cuando se llegue a autorizar y comercializar un medicamento, se tenga una importante población susceptible de tratar. Por ello, las enfermedades raras o huérfanas no suelen ser objeto de investigación frecuente.

– El diseño de los ensayos busca resultados rápidos y evidentes, por lo que es usual la comparación frente a placebo, o frente a otros medicamentos que si bien constituyen una terapia estándar puede no ser la más efectiva. Una vez obtenida la autorización del medicamento, la comparación frente a otros medicamentos similares, para establecer su posicionamiento terapéutico, no es una estrategia habitual.

– Los medicamentos objeto de estudio suelen ser nuevas moléculas con las que se pueda disfrutar de una patente, mientras que las viejas moléculas son en ocasiones abandonadas, aunque puedan tener un potencial en otras enfermedades o en otras condiciones de uso.