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Existen diferencias que pueden percibirse como ventajas e inconvenientes, dependiendo de si la investigación clínica es comercial o no comercial. Como ventaja, en las investigaciones sin ánimo de lucro, el personal involucrado es contratado por la propia institución, por lo que, siempre está presente en el propio centro para realizar su labor profesional; esto constituyó una gran ventaja durante la pandemia del COVID-19 ya que la presencia del personal ajeno fue restringida en los centros hospitalarios. Y como inconveniente, la financiación dedicada en los centros públicos o en su defecto la financiación que depende de convocatorias públicas estatales es reducida frente a los recursos humanos con los que se cuenta en la investigación comercial.

A nivel nacional, el Ministerio de Ciencia e Innovación a través del ISCIII es la principal institución que potencia la investigación clínica, aportando financiación en forma de recursos humanos, bienes y servicios necesarios para su puesta en marcha y desarrollo.