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•Cómo elegir cuál donante era adecuado para evitar el rechazo de la médula por el sistema inmune o a la inversa el del sistema inmune del donante contra el paciente;

•Cómo mantener vivo al paciente hasta que la función de la médula dañada fuera reemplazada por la médula nueva.

Cada una de estas interrogantes se iría resolviendo con mucho trabajo, pero también muchos fracasos que debieron enfrentar los pioneros del trasplante junto con las frustraciones de los pacientes y la constante crítica de sus pares que se opusieron por décadas a esta práctica.

No sería ese el mayor problema que enfrentarían los médicos al comenzar a hacer trasplantes, sino las dificultades que les presentaba la compatibilidad. Era una época en la que, básicamente, no se sabía de los genes que determinaban el destino de un trasplante ni cómo elegir un donante adecuado. El riesgo era sustantivo: si la médula no injertaba el paciente moriría de infección o hemorragia, pero si injertaba y no había compatibilidad entre el paciente y el donante, sería el sistema inmune del donante el que podría rechazar al paciente y causarle complicaciones severas. El único dato conocido era que el trasplante entre gemelos iba a resultar siempre porque ambos heredan los mismos genes, entre ellos los de compatibilidad.