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El reconocimiento, tanto general como parcial, deberá llevarse a cabo en el establecimiento del empresario, y en presencia de éste o de la persona que comisione (art. 33.1 C. de C.). No obstante, por excepción, el juez o tribunal, mediante resolución motivada, podrá reclamar que se presenten ante él los libros o el soporte informático de la contabilidad, especificando los asientos que deben ser examinados (art. 327 LEC). Si el reconocimiento se efectúa a instancia de parte, el sujeto que lo solicite podrá servirse de auxiliares técnicos en la forma y número que el juez estime necesarios (art. 33.2 C. de C.). El juez adoptará, además, las medidas oportunas para la debida conservación y custodia de los documentos contables del empresario.

Tanto los libros de contabilidad y los documentos y justificantes como la correspondencia del empresario pueden ser de extraordinaria importancia en los procedimientos judiciales o arbitrales que se inicien a demanda de un empresario contra otro empresario. Pero la contabilidad constituye un medio probatorio más, habiendo perdido la condición de medio de prueba privilegiado que tuvo en épocas precedentes. El Código de Comercio afirma que «el valor probatorio de los libros de los empresarios y demás documentos contables será apreciado por los Tribunales conforme a las reglas generales del Derecho» (art. 31 C. de C.). Además, la interpretación jurisprudencial del valor probatorio de los libros de contabilidad ha sido muy restrictiva. Son muchas las sentencias que afirman que la contabilidad sólo acredita hechos, y no actos jurídicos, ya que los contratos no son objeto de anotación contable (SSTS de 21 de octubre de 1943, 26 de febrero de 1945, 21 de marzo de 1963, 7 de octubre de 1986 y 22 de noviembre de 1993). Ciertamente, la contabilidad no puede cumplir la función de un medio de prueba directo para acreditar la existencia de negocios jurídicos, ya que no informa sobre el contenido exacto de éstos ni contiene firmas de las partes, lo que impide pueda ser equiparada a los documentos privados. Sin embargo, los asientos contables recogen el contenido de las prestaciones que efectúan las partes en ejecución de contratos y, en consecuencia, pueden probar hechos que tienen efectos jurídicos. La fuerza probatoria del asiento dependerá en cada caso de la forma en que venga redactado; pero no es admisible relegar a priori el ámbito probatorio de los asientos contables a los meros hechos materiales; prueban, por el contrario, hechos del tráfico, que como tales suponen o pueden suponer efectos jurídicos.